教學與研究發展重點
本系、所依授課、研究方向及現有實驗室空間主要分成生理、營養、加工與生物技術等四方面。其中生理、營養包括營養代謝、生殖生理及遺傳育種；而加工方面則分為乳品加工、肉品加工、微生物及副產品利用；生物科技方面之研究為利用細胞生理的理論及分子生物技術來探討動物肌肉、脂肪及生殖細胞的生長與發育。實習農牧場之雞舍、豬舍、鹿舍、牛舍和牛乳加工廠，均提供良好的教學、訓練及研究的環境。本系所以培植畜禽飼養、品種改良、提高禽畜單位產量及乳、肉、蛋、副產物利用與健康畜產品研究開發方面之專業人材為目標。
1、生理學研究
本系在國內最早開始從事鹿隻之相關研究，有關研究報告數量最多，目前可用光照處理增加鹿茸年產量一倍。在牛隻之研究，本系條件良好，而著重於改善夏季乳牛生殖效率之研究。由於對光照生理與生物時鐘之瞭解，目前亦已開始研究在鵝隻生殖與生產之應用。由於對鹿茸生產之涉獵，目前亦開始研究鹿茸藥效。
2、營養學研究
著重於中鏈脂肪酸與其他脂肪對豬與家禽生產之改善，而有重要成果；台灣土雞能量代謝效率之研究連貫且成果豐碩；對鵝隻腸道生理之研究亦頗有成果。
3、加工學研究
本系禽肉加工之研究極具特色，去骨禽肉可使禽肉價值大為提高；乳品微生物學之研究歷史悠久，且與應用密切配合，並延伸至堆肥或降低畜牧污染之研究。最近本系亦著力於黑豬肉理化性質之研究以及乳品與副產品中生物活性?之萃取與應用。最近，本系亦著重於健康食品之評估研究。
4、生物技術研究
本系為生物科技應用於畜牧生產之研究先驅之一，目前已選殖及構築許多議題基因，並產製基因轉殖小鼠，從事相關研究；本系首開先例，以分子生物學技術研究肌肉、脂肪組織與生殖細胞等發育之生理學；亦率先以生物資訊方法探討起動子與基因特性，並開發應用軟體。此外，本系亦參與國家型整合計畫有關台灣土雞基因體計畫。
產學合作專利
最近之發展與趨勢
本系近期除了研究經濟動物生理營養消化代謝等機制外，開發高附加價值畜產品及副產物利用也是持續進行，免疫調節保健食品以及新興飼料營養添加物等研發也是符合現代追求食安健康。本系農牧場因應現代智慧農業發展，建置智慧化福利蛋雞舍及每隻泌乳牛裝設健康偵測器等設備，透過大數據分析，運用科技，讓畜牧場管理更精準，達到最佳的飼養成績。
